Die allgemein anerkannte Erklärung für das Aussterben des Thylacins auf dem Festland hat drei Faktoren mit sich gebracht: Menschen, Dingos und Klima. Es wurde vermutet, dass das Klima eine untergeordnete Rolle spielte und dass Dingos, die vor etwa 5.000 Jahren in Australien eingeführt wurden, und die wachsende Bevölkerung von immer raffinierteren Menschen als Raubtiere die Rasse übertraf. Die vor 14.000 Jahren vom Festland getrennte tasmanische Bevölkerung überlebte bis 1936, als der letzte bekannte Einzelne in einem Hobart-Zoo starb.
Mitochondriale DNA aus 51 Thylacin-Proben aus Australien und Tasmanien lässt jedoch vermuten, dass ein El Niño-Southern Oscillation-Ereignis zum Aussterben auf dem Festland beigetragen hat. Die frühen Bevölkerungen in Australien waren genetisch unterschiedlich, aber das Wettermuster löste eine Reihe lang anhaltender Dürren aus, die für diejenigen, die in trockenem Westaustralien lebten, besonders hart waren. Dies trug zu ihrem Aussterben bei, ebenso wie die der tasmanischen Teufel auf dem Festland. Die Bedingungen in Tasmanien waren etwas besser - die Anzahl der Thylacines ging zurück, sie begann jedoch vor etwa 700 Jahren wieder zu steigen - gerade rechtzeitig für die Ankunft der Europäer.